五四运动对蔡元培本人的影响也很大，运动前后他在观念和言行的许多方面也有不小的变化。如果说，五四之前的蔡元培是以“囊括大典网罗众家”为口号，表面上对新旧不偏不倚而实则维新的话，那么五四之后的蔡元培则非常旗帜鲜明地站在新的一方，并与旧势力摊牌了。

如1919年3月，蔡元培在答林纾对北大“尽废古文，专用白话”的诘难时，费了很多篇幅，举了许多实例，详证北大并没有“尽废”和“专用”。也就是说，对古文和白话的优劣却并未表示态度。而到了运动之后的11月，他在公开演讲中则历数白话文的种种好处，并断言白话文将来“一定占优胜”。

他于1920年4月1日发表《洪水与猛兽》一文。

“我以为用洪水来比新思潮，很有几分相像。他的来势很勇猛，把旧日的习惯冲破了，总有一部的人感受痛苦；仿佛水源太旺，旧有的河槽，不能容受他，就泛滥岸上，把田庐都扫荡了。对付洪水，要是如鲧的用湮法，便愈湮愈决，不可收拾。所以禹改用导法，这些水归了江河，不但无害，反有灌溉之利了。对付新思潮，也要舍湮法，用导法，让他自由发展，定是有利无害的。”

至于猛兽，恰好如军阀，“孟氏引公明似的话：‘庵有肥肉，厩有肥马，民有饥色，野有饿莩，此率兽而食人也。’现在军阀的要人，都有几百万、几千万的家产，奢侈的了不得，别种好好作工的人，穷的饿死，这不是率兽食人的样子么?现在天津、北京的军人，受了要人的指使，乱打爱国的青年，岂不明明是猛兽的派头么……

“所以中国现在的状况，可算是洪水与猛兽竞争。要是有人能把猛兽驯伏了，来帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了。”

把“洪水”比作新思潮，把“猛兽”比作军阀政客，“对付新思潮，也要舍湮法，用导法，让他自由发展，定是有利无害的”。如此鲜明的言论，他在五四之前也是不多见的。

五四运动也鼓舞了蔡元培。他在五四之后，非但没有停下对北大改革的步伐，而是借助五四运动的东风，或者深化已有的改革，或者发起新的改革，使得五四运动的成果在北大的改革中得以延续。

其中一个重要的举措是继续完善“教授治校”制度。

鉴于运动期间因其辞职而引起的动荡，蔡元培切身感受到将全部校务系于校长一人的危害，他复职后多次强调：“无论何人来任校长，都不能任意办事。”

返校伊始，他便提出要完善校内管理体制，使之不能因那一个校长的去留而影响学校的正常运转。当年11月，他主持制定《国立北京大学内部组织试行章程》，提高教授在学校管理中的权重，进一步突出“教授治校”。提出组织行政会议和各专门委员会，负责日常校务。

进校不久的蒋梦麟受命通盘规划，具体实施。这位美国哥伦比亚大学毕业的教育学博士负责组设总务、教务两个职能部门，并聘请各系教授充任财政等专门委员会，使北大的“教授治校”越发完善。

此后，蒋梦麟作为学校的总务长，成为蔡元培在北大最为倚重的助手，每次他离校，都是蒋主持校政。

1923年6月，蔡元培曾向北京国立八校教职员联席会提议：由八校教授会公推一个董事会，“负经营八校之全责”，而各校校长则“先由各本校教授会公推，再由董事聘请，不复受政府任命，以保独立之尊严，而免受政治之影响”。这个提议的核心，是由公推的董事会代替政府来行使管理大学之“全责”。用心不可谓不良苦，但由于历史条件的限制，他的这个提议胎死腹中。

其二是继续加强学生自治。蔡元培充分赞扬学生在运动中表现出来的“自治能力”、“自动精神”及其“自信”，因此在五四之后，他愈加注重学生的自治。11月他支持学生会通过了《北京大学学生会章程》，认可学生会有更大的自治权力。同时，他以更大的力度鼓励和扶持学生的各种社团，如对马克思学说研究会、社会主义研究会等，蔡元培都尽最大努力予以包容和扶持。

他对学生会创办的平民夜校倾力犹多，原因也与五四运动直接有关。这场运动由最初的学生运动发展成为全国性的民众运动，蔡元培看到了民众的力量，也认识到民众教育的重要性。他倾力扶持平民夜校，实乃既把它当作学生自治的重要组织，又当作教育和唤醒民众的重要途径。

在此期间，蔡元培做了一件更惊世骇俗的事是，在北大实行男女同校。

1919年5月19日，20岁的邓春兰给北大校长蔡元培写了一封《春兰上蔡校长书》，主张女性应与男性享有同等的受教育权，要求北大率先接收女学生，实行男女同班。

她在这封信中写道：“今阅贵校日刊，知先生在贫儿院演说，主张男女平等。我辈欲要求于国立大学增女生席，不于此时更待何时？春兰愿为全国女子开一先例，如蒙允准，即负笈来京，联络同志，正式呈请。”

在“女子无才便是德”的年代，邓春兰有这样的见识，得益于她的父亲、民国教育家邓宗的培养。邓春兰是家中的第三个女儿，她和两个姐姐一样从小就在父亲的支持下不用缠足。1911年高小毕业后，她又随父到兰州省立女子师范学校读书，期间接触到不少进步书刊，毕业后在兰州一所小学任教。

尽管蔡元培等进步人士曾多次提出男女教育平等的主张，但当时北大尚未招收女生。不能进入大学深造的邓春兰想要改变这种性别不平等，于是选择致函北大校长。不巧的是，蔡元培刚刚于5月9日愤然辞职，返回绍兴老家，因此未能在第一时间读到这封信。

等不到回信的邓春兰，6月份又写了一篇《请报界诸先生转全国女子中学毕业暨高等小学毕业诸位同志书》。她以西方国家作为参照，主张中国女性在教育、职业、政治权利上应与男性平等；倡议在大学附近为女性创办补习班，帮助受教育水平不足的女性通过努力获得大学入学资格。

她将这封“同志书”连同给蔡元培的信一起发给新闻界。1919年8月3日被北京《晨报》发表，很快获得上海《民国日报》以及英、法人士所办报纸等多家转载，引起社会关注，也得到了许多有识之士的支持。在邓春兰的带动下，多地教育团体和女青年们也开始呼吁要求大学解除女禁。

这一年的9月份，蔡元培返回北大复职。看到了邓春兰的来函以及社会各界的呼吁，随后于12月作出回应，表示完全赞同在北大实行男女同校。

1920年2月，北大先后招收了九名女性旁听生，邓春兰是其中之一。到了当年秋季招生时，蔡元培将九人全部正式录取，其中邓春兰入读哲学系。北大首开男女同校先河后，上海、南京、广州、天津等地竞相效仿，使得更多女性能够接受高等教育。

对此，有人曾责问蔡元培：“招收女生是新法，为什么不先请示教育部核准？”

蔡元培回答：“教育部的大学令，并没有专收男生的规定，从前女生不来要求，所以没有女生，现在女生来要求，而程度又够得上，大学就没有拒绝的理。”

三言两语，于轻描淡写之中，智慧和巧妙的避开了传统的束缚，开创出我国大学男女同校的先例。

五四运动后，北京学界呈现出更加自由、活跃的局面，各种思想广为传播，各类团体争先涌现。蔡元培照样是“兼容并包”， 于是北大张开大海一样的胸怀。

胡适、陶行之等，簇拥着他们的美国老师杜威博士，四处讲学而久居北京。

约翰•杜威（John Dewey，1859年10月20日－1952年6月1日），美国著名哲学家、教育家、心理学家，实用主义的集大成者，也是机能主义心理学和现代教育学的创始人之一。 如果说皮尔士创立了实用主义的方法，威廉•詹姆斯建立了实用主义的真理观，那么，杜威则建造了实用主义的理论大厦。他的著作很多，涉及科学、艺术、宗教伦理、政治、教育、社会学、历史学和经济学诸方面，使实用主义成为美国特有的文化现象。

约翰•杜威在学术生涯中，曾先后于美国密歇根大学、芝加哥大学、哥伦比亚大学长期任教，并在哥伦比亚大学退休。杜威一生推崇民主制度，强调科学和民主的互补性，民主思想是他众多著作的主题。与此同时，他也被视为二十世纪最伟大的教育改革者之一。在芝加哥大学任教期间，他还创立了芝加哥大学附属实验学校（University of Chicago Laboratory Schools）作为他教育理论的实验基地，其太太担任学校校长。

杜威的思想，曾对二十世纪前期的中国教育界、思想界产生过重大影响。他到访中国，亲身见证了五四运动，培养了包括胡适、冯友兰、陶行知、郭秉文、张伯苓、蒋梦麟等一批国学大师和学者。

2006年12月，美国知名杂志《大西洋月刊》，将杜威评为“影响美国的100位人物”第40名。

信奉俄国布尔什维克的李大钊从1920年起任教授，其新颖的政治经济学史学理念开始流行于青年之中 。

新文化运动中成长起的一代文豪鲁迅，正式受聘于北大，在北大讲台宣讲他的独步文坛的中国小说史。

“只手打倒孔家店的老英雄”吴虞，也走出四川盆地来到最高学府，继续点评他的先秦诸子。

就连从官场上被迫退下来而转向学术研究并成果不斐的梁任公，也时常来北大校园登台演说。

……

这时候的北大可谓是真实的百花齐放。